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故事发生在模块V事件的多年后，在生命金属被发掘之后，生命金属开始在世人之间流传开来。而猎人们其中包括遗迹猎人和非法猎人在遗迹中漫游，寻找失落的技术，而在那里，有着被称为非正规品的野生机器。而政府“军团”则是一个监察和控制世界的所有事物联合政府阻止，并以“三贤者”作为政府“军团”的统治者。三贤者中的三个人物分别是：托马斯大师、阿尔伯特大师和米哈伊尔大师。然而，名为非法猎人的非法集团在某一个未知的遗迹中发现了疑似生命金属的物质。就在这个时候，有两个经历完全不同，但同样没有过去的记忆的少年少女登场了。其中，思考型机器人少年由于遭到了冬眠洗脑，而失去了记忆。而人类少女呢，在年幼时期遭到了非正规品的袭击，而失去了一切，对自己的身世没有任何的印象。思考型机器人少年和人类少女为探究自己的身世，搭上了前往政府“军团”的列车，遭遇了同样失去记忆的生命金属模块A。
